Las, jako trwały element biosfery i podstawowy składnik środowiska przyrodniczego oraz jako dobro całego narodu, podlega szczególnej ochronie ze strony państwa, co znalazło odzwierciedlenie w licznych ustawach, rozporządzeniach, zarządzeniach, instrukcjach i zasadach.
Ochrona lasu była, jest i będzie jedną z ważniejszych dziedzin gospodarki leśnej. Podstawowym obiektem jej działalności jest ekosystem leśny, co oznacza, że cele ochronne odnoszą się nie tylko do drzewostanu (mimo że jest to z punktu widzenia interesu człowieka najważniejszy komponent ekosystemu leśnego), lecz także do biotopu i całej biocenozy, a więc do wszystkich elementów składowych lasu (takich jak drzewostan, gleba, ściółka, runo, podszyt, fauna, flora i in.).
Głównymi celami ochrony ekosystemów leśnych, uwzględniającymi istniejące i spodziewane zagrożenia oraz wzrost zapotrzebowania społeczeństwa na pełnione przez las funkcje, są:
a) zapewnienie ochrony wszystkich lasów, a szczególnie takich elementów ekosystemu leśnego, jak np. drzewostany, materia organiczna czy rzadkie składniki biocenoz leśnych;
b) godzenie gospodarczego rozwoju kraju z ochroną przyrody i wykorzystaniem zasobów leśnych;
c) poprawa zdrowotności ekosystemów leśnych poprzez zwiększanie biologicznej odporności drzewostanów na działanie szkodotwórczych czynników biotycznych, abiotycznych i antropogenicznych;
d) regulowanie intensywności użytkowania zasobów leśnych oraz funkcji ochronnych, społecznych i innych pełnionych przez las, tak aby czynności te nie mogły zagrozić trwałości lasów i nie wpływały negatywnie na stan drzewostanów.

Stan zdrowotny i sanitarny Nadleśnictwa Konin jest dobry. Zdecydowane działania Nadleśnictwa w kierunku poprawy stanu lasu przyniosły widoczne efekty.

Zagrożenie abiotyczne spowodowane czynnikami atmosferycznymi wynikają przede wszystkim z położenia geograficznego danego obszaru. związane są one z położeniem geograficznym: występowanie anomalii pogodowych (wyrażających się w naszej szerokości geograficznej występowaniem ekstremalnych temperatur, opadów i silnych wiatrów), okresowe obniżenia poziomu zalegania wód gruntowych m.in. w następstwie długotrwałych okresów suszy, późne wiosenne i wczesne jesienne przymrozki itp. Zmniejszają one w znaczący sposób biologiczna odporność ekosystemów na działanie szkodliwych czynników biotycznych.

W zalesieniach na gruntach porolnych czynnikiem zmniejszającym odporność biologiczną środowiska leśnego na oddziaływanie czynników biotycznych są właściwości bonitacyjne gleby. Gleby porolne charakteryzują się brakiem odpowiedniej struktury fizykochemicznej i właściwych dla gleb leśnych specyficznych układów mikrobiologicznych.

Na terenie Nadleśnictwa Konin występują również gleby zniekształcone i zdegradowane w rezultacie odkrywkowego sposobu wydobycia węgla brunatnego. Prawidłowe właściwości fizykochemiczne takich gleb odbudowują się przez długie dziesięciolecia.

Nadmierna dominacja w składzie gatunkowym drzewostanów i upraw leśnych gatunków iglastych oraz niezgodność składu gatunkowego z siedliskiem (obecność drzewostanów gatunków iglastych na siedliskach lasowych) powodują m.in. podatność środowiska leśnego na ujemny wpływ innych czynników biotycznych. Odnosi się to tez do monotypizacji, tj. ujednolicenia gatunkowego lub wiekowego drzewostanów.

a) Zagrożenie ze strony szkodników pierwotnych

Szkodniki pierwotne głównie barczatka sosnówka, brudnica mniszka, strzygonia choinówka oraz szeliniak sosnowiec, zwalczano metodami mechanicznymi i chemicznymi, również lotniczymi. W latach 2013 i 2014 Nadleśnictwo Konin przeprowadziło lotnicze zabiegi ratownicze w celu ograniczenia liczebności barczatki sosnówki oraz brudnicy mniszki. W ostatnich latach pojawiły się uszkodzenia w drzewostanach dębowych powodowane przez gąsienice motyli z rodziny miernikowcowatych.

W bieżącym 10-leciu istnieje w dalszym ciągu potencjalne zagrożenie ze strony pierwotnych szkodników liściożernych zarówno sosny – strzygonia choinówka, boreczniki sosnowe, brudnica mniszka, jak i gatunków liściastych (głównie dębów) – zwójka zieloneczka.

b) Zagrożenie ze strony szkodników wtórnych

Owadami mającymi znaczenie gospodarcze i przyczyniającymi się do wydzielania posuszu są: cetyniec większy i mniejszy, przypłaszczek granatek oraz kornik drukarz w drzewostanach świerkowych.

c) Zagrożenie ze strony chorób grzybowych

Zagrożenie ze strony pasożytniczych grzybów występuje głównie w drzewostanach sosnowych na gruntach porolnych, szczególnie od huby korzeniowej i opieńki. W drzewostanach ponadto odnotowano występowanie osutki sosny, huby sosny, zamieranie dębów, olch i jesionów. W 2016 r. na skutek trwającej suszy osłabione drzewostany na powierzchni około 1300 ha zostały porażone przez grzyba Sphaeropsis sapinea, wywołującego chorobę zamieranie pędów sosny.

d) Zagrożenie ze strony zwierząt łownych

Obszary leśne Nadleśnictwa Konin stanowią miejsce przebywania rozproszonych populacji zwierząt łownych: jelenia, sarny, dzika oraz daniela. Efektem tego są wyrządzane szkody - głównie spałowanie młodników i zgryzanie upraw oraz redukcja liściastych gatunków głównych i domieszkowych w zakładanych uprawach oraz czemchanie sadzonek modrzewia.